Afonso foi secretário Estadual de Desenvolvimento Urbano (Sedur), e presidente do Conselho de Administração da Embasa no primeiro mandato do ex-governador Jaques Wagner. Neste período, implantou e coordenou o programa Água Para Todos, que beneficiou mais de 4,5 milhões de pessoas com acesso a água tratada para toda a Bahia.

Antes de assumir a Sedur, Afonso já atuava na área do saneamento, como ativista da causa ambiental, combatendo ao lado dos trabalhadores da Embasa e da direção do Sindae. No cargo, foi o principal articulador do processo que instituiu a Política Estadual de Saneamento Básico e diretamente responsável por uma grande melhoria na vida de comunidades espalhadas por toda a Bahia, especialmente no semiárido.

Como deputado, atuou junto a Frente Nacional do Saneamento para construiu a mobilização pela coleta de 1 milhão de assinaturas para o projeto de iniciativa popular que, criando o Fundo Nacional do Saneamento. O principal objetivo do mandato é conquistar a universalização do saneamento ambiental, garantindo para toda a população água tratada, esgotamento sanitário e destinação adequada dos resíduos sólidos. 

.